第二天，孙百里开始着手在1营的基础上组建独立旅。新兵的挑选工作进行的非产顺利，那些补充旅的士兵们听说独立旅的任务是防守漳州，不用上前线，纷纷踊跃报名，人数远远超过所需，在孙百里的授意下，征兵处优先挑选有文化的士兵，同时又从漳州及附近几个县招募了几百名当地青年入伍，这样一来，独立旅已经和几乎完全由广东籍官兵组成的其他十九路军部队区别开来，成为一支全新的部队。
半个月后，新兵的征集工作全部完成，而其他部队也纷纷开赴福建各地，漳州城里只留下独立旅和军部军需处留下看守仓库的人员。把从军需处领到的武器装备分发下去后，独立旅的整训工作立即全面展开。
孙百里按照德国陆军独立旅的标准对军队进行了整编，具体编制如下：第一是旅直属部队，其中包括一个炮兵营，含三个榴弹炮连配备十二门七十五毫米山炮、一个战防炮连配备四门三十七毫米战防炮、一个高射炮连配备四门二十毫米高射炮、一个通信连（两个有线通信排和一个无线通信排）、一个特务连、一个工兵连、一个警卫连和一个卫生队。第二是旅部下辖的三个步兵团，每个团的直属部队包括一个迫击炮连配备六门八十三毫米迫击炮、一个小炮连配备六门二十毫米机关炮、一个通信连、一个特务连和下辖的三个步兵营。每营下辖一个机炮连配备六挺重机枪和两门八十二毫米迫击炮、三个步兵连。每连下辖一个轻机枪排配备六挺轻机枪、三个步兵排。每排下辖三个步兵班，每班两挺轻机枪，十支步枪。除了炮兵营还缺一些大口径火炮和高射炮外，其它的装备全部到位，全旅总兵力达八千人，已经接近师的编制，在火力方面甚至超过了十九路军的三个主力师。同时任命钟武为一团团长，李从文为二团团长，陈子坚为三团团长，谢长风为炮兵营长，原来参见过上海之战的老兵几乎都得到不同程度的提升，个个乐不可支，士气高涨，对孙百里再也没有了排斥的心理。
孙百里原本还担心这些老兵和军官一下子连升几级，无法胜任新的工作，等练兵一开始就发现自己的担心完全是多余的：这些人早已把他的‘孙氏操典’和训练模式烂熟于胸，很快就进入角色，使他的负担减轻不少，可以集中精力对军官进行培训。
军队训练进行的非常顺利，但是孙百里的地方政务工作却进行得异常艰难，本来根据十九路军总部制定的计划，要用两年左右的时间把福建建设成为一个模范省份，最重要的部分就是解决农村的土地问题，其制定的主要方针是‘耕者有其田’，也就是凡是有耕作能力的人，按人口平均分配土地，把地主或者富农手里多余的土地按市价购买下来再平均分配给无地或少地的农民。这个政策虽然得到了广大贫民的支持和拥护，但是也理所当然地被地主乡绅所抵制，他们拒绝出卖手中的土地，同时还联名上书中央，说十九路军实际上实行的是共产党那一套政策，有‘通共’的嫌疑。孙百里在实际操作中还发现，这种做法过于理想化，即使所有的地主都同意出让土地，以十九路军现在的财力，连十个县的土地都买不下来，更别说福建全省了。再加上很多政府职员都是些大户人家的子弟，对这项政策本身就有抵触情绪，执行政策更是阳奉阴违，就是勉强推行下去的几个县，效果也不显著，只有红军曾经占领过的一些地方，地主全部被赶跑了，推行的比较顺利。虽然有人建议采用和红军完全相同的手段来推行新政，但是孙百里认为过于偏激，毕竟很多地主除了拥有较多的土地，生活相对较为富裕外，本身并没有什么恶行，如果采用铁血的手段，就会激化社会矛盾，得不偿失。
正当孙百里面对困境一筹莫展之时，远在几百里外的蔡廷锴及时伸出援手。他首先代表省政府把漳州、厦门等附近八个县划分为一个地区，正是任命孙百里为行署专员，全面负责军政事务，然后又邀请一些学者和知名人士到福建担任地方长官，并且把头一批抵闽的人员给了漳州。在欢迎宴会上，孙百里把目前的困境和各位即将上任的地方官员一说，大部分人都同样想不出办法，只有担任漳州市长的杜周南指出一条明路，他说：“福建饱经战乱，生产遭受很大的破坏，经济陷于停滞甚至倒退的局面，地主为了自己的生计着想，当然不愿意出让手中的土地，故而不能操之过急。其实问题的关键不在地主富农，如果经济发展迅速，投资于工厂比单纯地收取地租的收益高一倍，谁还愿意死抱着土地不放？”孙百里后来才知道，此人位曾经留学日本，并且获得了经济学硕士学位。
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