日军的空袭行动取得了前所未有的成功，不但炸死了中国政府的最高统帅，还把刚刚获得任命的五位部长炸死，在空袭中死亡的人数达到三百人之多，而其中大部分是军政要员，几乎使国民政府陷入无法正常运转的境地，更为严重的是，蒋介石的死在国民政府和中央军内部引起强烈反映，其结果不亚于掀起一场八级地震！
与此同时，由于国民政府没有能够在第一时间把蒋介石被炸死的消息封锁住，导致侵华日军司令部很快就掌握了这一绝密情报，随即向中国军队发起迅猛攻势，妄图趁着中国政府权力出现真空的时间，打个措手不及，彻底解决中国问题，为即将开始的南进扫清障碍：第一，日军增调两个关东军精锐师团进入台湾，分别在基隆和高雄登陆，汇合当地守备部队，向十九路军台湾军团发起全线进攻；第二，增调两个关东军步兵师团和一个坦克师团进入华中战场增援第11军，其中一路从九江出发，向南昌方向攻击前进，坦克师团在一个步兵师团的支援下，从马当要塞向景德镇方向突击，准备从东面包抄南昌。第三，华北日军集中了五个半师团的兵力，在十几万伪军的配合下，对八路军根据地和阎锡山的晋绥军控制区发动规模空前的扫荡；第四，日本海军第三和第五舰队出动包括五艘航空母舰在内的百余艘舰艇，在严密封锁沿海港口的同时，派出舰载机猛烈空袭国统区。
根据中华民国宪法，在总统不能视事或者身故的情况下，副总统将暂时行使总统权力，直到国民大会选出新的总统为止，于是孙百里在没有任何思想准备的情况下站到了权力的顶峰，成为代理总统。上任伊始，孙百里立即用最高级别和最快的速度把蒋介石下葬，任命一批政府官员，同时宣布在重庆实行为期一个月的军事管制，用高压手段恢复陪都的秩序。紧接着，他以最高统帅部的名义，命令第九战区和第五、六战区国军全线出击，从三个方向冲击武汉日军外围阵地，迫使日军放弃对南昌的攻击，回师增援，以缓解第四战区的巨大压力；命令第一战区抽调精锐部队，向黄河以北、太行山南麓的日军发动猛攻，减轻华北部队的压力；命令余汉谋的第12集团军恢复对广州的攻势，同时从福建抽调两个步兵师进行增援。
1941年8月底开始，中日双方的两百余万军队在绵延数千公里的战线上展开了新一轮的较量，经过连续两个月的鏖战，日军尽管在一些战线取得进展，但是却远远没有达到预期的目的，日本东京统帅部担心把用于南进的资源全部消耗掉，只好在11月初停止了大规模的攻势，战线终于恢复了平静。此时，敌我双方的态势为：华南方面，第12集团军依靠犹太军团的强大突击能力，连续攻克惠阳、龙岗，前锋直指宝安县城，并恢复了与香港的陆路联系，第12集团军主力经过持续不断的攻击，把防线向前推进了五十至一百公里，日军则龟缩在以广州为中心的城市和交通线附近，依靠坚固的工事和强大的海空火力支援顽强抵抗，使对方的推进速度越来越慢，伤亡却越来越大；华中方面，在三个战区，百余万军队的强大压力下，第11军暂时放弃了染指南昌的企图，集中兵力固守武汉，最后依靠坦克师团的强大战斗力收复被中国军队夺取的阵地，把防线恢复到原来的态势；华北方面，由于第一战区司令官蒋鼎文和副司令长官汤恩伯对孙百里
抱敌视态度，仅仅派出两个步兵团来敷衍了事，对华北日军没有起到任何牵制作用，而晋绥军和八路军的后勤补给又远远不如其他战场的国军，无法遏制住日军的疯狂进攻，导致根据地大片沦于敌手。
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