日本统帅部制定的反击方案非常简单有效，一刀就插在十九路军的软肋——首先命令游弋在江浙沿海的海军舰艇全速前进，全面封锁台湾海峡，彻底切断两岸之间的物资和人员运输通道；其次，集结在北部湾的航母编队紧急返航，日夜兼程向台湾海域前进，只要台湾进入舰载机的攻击范围之后，立即出动轰炸机群进行主动攻击，压制登陆部队的攻势；再次，从关东军抽调两个师团的兵力，集结完毕之后，在本土出发的海军舰艇编队的护卫向向台湾进发，准备在岛内与中国军队决战；最后，命令岛内的驻军和日本侨民向高雄和基隆两个港口附近集中，在海军舰炮的支援下固守待援，把中国军队死死拖住，使其无法顺利占领全岛。
日本统帅部之所以能够在短时间内制定出如此大胆的计划，一方面是因为陆军全部深陷中国战场，无法在短时间内抽身出来，另一方面则是不相信十九路军只依靠岛上的区区数万兵力就能把驻军驱逐出去——岛上的正规军虽然只有六七千人，但是还有两万余名警察和二十多万日本侨民，凭借存放在高雄和基隆两个港口仓库里面的武器装备可以轻易再装备两个师团，这样一来，兵力就是对方的两倍以上！
十九路军的第二批物资刚刚运送过去，台湾海峡就被匆忙赶来的日军舰队封锁，谢长风率领的台湾军团就成为一支孤军！
形势虽然异常严峻，但是由于事先已经考虑过这种可能性，谢长风早就有了心理准备，当日军第一支舰队出现在台湾海域之后，他立即向军部报告敌情，然后从容不迫地部署兵力：向南进攻的台湾军团第二师在顺利攻克台南之后没有继续南下，而是以两个步兵营在当地组织防御，师部和炮兵团回师嘉义，其余部队则以营连为单位以迅雷不及掩耳之势扫荡周边的县城乡镇，在彻底破坏日本在地方的基层组织的同时，通告国军登陆的消息，在民众当中征集志愿兵；向北攻击的第一师在攻克新竹之后以摩托化步兵营为先导，高速向台北挺进，兵锋直指基隆港；军团司令部和直属部队则进驻台中，然后征集民夫把船队运送过来的补给和缴获的物资向中央山脉的高山族聚居区运送，原先渗透过来的谍报人员、小分队与无法返回大陆的数千民夫很快聚集起来，准备在这里家里根据地。由于高山族在日本统治期间数次起义，被日军血腥镇压过，对日本人是恨之入骨，所以对中国军队的到来非常欢迎，在他们的全力配合下，创建根据地的工作进行得非常顺利。
鉴于日军具有空前强大的海空力量，谢长风完全放弃了依靠海防工事把敌人阻挡在海岸线之外的想法，只在台中、新竹等几个沿海港口和适合登陆的滩头阵地配置了少量的监视兵力，却把军团的主要机动兵力投入到摧毁日本地方政权的工作当中。
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