武汉会战结束以后，蒋介石在南岳衡山召开的军事会上与国军的高级将领和大本营的幕僚们仔细地分析了敌我双方的军力情况，认为日军在占领武汉和广州之后，已经达到兵力的极限，再加上敌后部队不断威胁长江水道，使其后勤补给的压力进一步加大，应该无力在短时间内发动大规模的进攻，但是，日本兵种齐备，训练有素，装备精良，战斗力仍然很强，故而，今后的抗战将进入敌我相持的阶段。
蒋介石基于以上对形势的判断和综合全体到会将领们的意见，提出了中国军队今后作战的指导方针：集中优势兵力在日军防线相对薄弱之处连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人；积极策应敌后之游击部队，加强敌后控制与扰袭，化敌人后方为前方，迫敌局促于点线，阻止其全面统治与物资掠夺，粉碎其以华制华、以战养战之企图；同时，抽出部队轮流整训，强化战力，准备反攻。
为了适应急剧扩大的战争规模，更加灵活地指挥作战。军事委员会对军队体制进行了改革，暂时撤销了兵团、军团两级编制，以军为作战的基本单位；取消西安、广西、重庆等行营，另设天水、桂林两个行营，以程潜、白崇禧分任行营主任，在最高统帅部之下，由程、白二将军分别负责指挥南北两大战场。
另外，统帅部重新划分了全国战区，调整了兵力部署：
第一战区，司令长官卫立煌，兵力包括第2、第3集团军，共12个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队，负责防守河南及安徽一部。
第二战区，司令长官阎锡山，兵力包括第4、第5、第6、第7、第14、第18集团军，共32个步兵师，14个步兵旅，五个骑兵师，三个骑兵旅和其他特种部队，负责防守山西及陕西一部。
第三战区，司令长官顾祝同，兵力包括第10、第23、第25、第32集团军和新编第4军。并32个步兵师，2个步兵旅，以及其他特种部队，负责在浙江和江苏开展游击战。
第四战区，司令长官孙百里，兵力包括第19、第12、第16集团军，共25个步兵师，2个独立步兵旅和其他特种部队，负责防守两广。
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