六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，燕王率军直趋金陵，发诏称“愿与天下共治之”，六部官员闻之默然。十三日燕师进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王为朱棣开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。而燕师入京之际，宫中起火，据传建文帝在大火中不知去向，但对外只能定称建文帝葬身于火中。
建文帝这样的结局，难免让孟剑卿对宁衡生出种种怀疑。
永乐帝担心建文旧臣心怀叵测，重立锦衣卫以侦查镇抚，任命燕王府旧属纪纲为指挥使，前任锦衣卫千户高平与孟剑卿为同知。
高平早在靖难之役初起之时便已效忠于燕王，功劳卓著，对他的任命，燕王旧臣并无异议，然而孟剑卿坐观成败之后又坐收渔利，难免让燕王旧臣与建文遗民都极其不满。
印信是由永乐帝亲自交给他们三人的。纪纲与高平退出去之后，孟剑卿被单独留了下来。
永乐帝打量着垂手肃立在面前的孟剑卿：“沈光礼原来交给你负责的是哪些事情？”
孟剑卿答道：“卑职原来所办的案子，主要是与各地魔教余孽和地方叛逆有关；沈大人后来又将讲武堂与海上仙山的事情交待给了卑职的，除了这三件事情之外，并无专管。此后因为锦衣卫衙门裁撤，卑职无处交割，所以相关档案都还收在卑职前几年所管的库房中，暂时封存。”
他交割库房时，给那批档案加了封条，接管库房的古百户还一直没敢去碰这些档案。
永乐帝沉吟着，过了片刻才说道：“这三件事，你还是接着管下去。”
沈光礼的安排，必有道理，还是不要轻易变动为好；而且，在他看来，孟剑卿也不是那种公私不分的人。
追查建文帝真正下落的事情，并没有交给他。孟剑卿的心中，不由觉得略略一松。
永乐帝又道：“另外还有一件事情也交给你办。”
他招一招手，一直低头守在阴暗处的两名小内监，快步走了上来。
永乐帝道：“这两个小内监，人还算机灵，就交给你调|教。”
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