送走了葡萄牙使团后，周重就立刻督促总督府治下的造船厂加快速度建造军舰，特别是那种新型的瓦伦战舰，这种战舰已经通过了水师的测试，并且得到了水师上下的一致好评，甚至连那些被俘的葡萄牙人，也对这种战舰赞不绝口，因此周重已经开始对手下水师进行搬装，日后瓦伦战舰将成为大明水师的标准战舰。
除了战舰之外，四海总督府在得到正德皇帝的同意后，立刻开始对水师进行扩编，毕竟现在总督府治下的海域越来越大，光靠原来的那点水师根本不够，所以周重经过仔细的考察之后，决定将水师扩张为三支舰队。
其中第一支舰队名叫东海舰队，主要游弋在双屿港以北的大明海域，这片海域相对比较平静，特别是在朝鲜内附，倭国内乱的前提下，更是没有多少事情可做，顶多也就是救助一下海上遇难的商船，顺便协助沿海的州府维持治安，并不是用来对外作战的舰队。
第二支舰队名叫南海舰队，这支舰队的作用与东海舰队一样，只不过管理海域变成了双屿港之南，海南岛与吕宋岛之北的广大海域，这两只舰队都是大明的内海舰队，并不需要装备太过精良的战舰和武器，使用的都是以前四海水师退下来的老战船。
除了上面的两支内海舰队外，剩下的这支舰队才是周重真正的杀手锏，这支舰队就是他花费了大量心血，同时也集中了所有水师精锐的南洋舰队。
现在周重虽然占据了马六甲和旧港，堵死了葡萄牙人进入南洋的通道，但是南洋的大部分地区都还处于当地土人的统治之中，各个小国彼此争斗不休，而且这些小国的土人几乎都像旧港的那些土人一样，一个个又懒又蠢，若不是南洋这里物产丰富的话，恐怕他们早就因为自己的懒惰饿死了。
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