就在龙谦连日研究军队整编的时候，全国军事局势再起变化。
10月9日，西南传来好消息。
第二师出广西后没有先定贵州而是先进云南，是因为就军事力量而言，云南强于贵州。另外，受孙文在两广武装反清的影响，云南的同盟会反清势力也较强。云南籍留日学生大批加入了同盟会，比较著名的有杨振鸿、罗佩金、唐继尧、叶荃等，这些人回国后大批发展同盟会势力，使得云南成为政治上倾向孙文的省份之一。西南诸省中，云南的军事力量也是比较强的，在1909年初，云南已成立了新军第十九镇，辖三十七、三十八两协四标，虽然装备训练比起北洋六镇差得多，但毕竟是一直成建制的军队了。
龙谦率第五镇进占两广后，即命情报处加强对云南的工作。在1908年初即组建了昆明站，开始了对云南各派力量的调查和渗透。而龙谦平息了新宁之乱，起兵反清后，反复指示经略西南的第二师要稳扎稳打，先切实控制广西后再西进云南。所以，在山东、北方两军捷报飞传，南方军主力势如破竹北伐的情势下，第二师（当时只有一个完整的建制旅）一直停在广西，一面招降清剿广西清军，一面组建训练第六旅，第一师打下长沙，第二师尚在广西停步不前。
长沙之战后，第四旅归建。蓝心治上报了进军西南的计划：集中第二师主力自广西挺进云南，先不管贵州，第一步解决云南问题。而第四旅不必折返广西而是自长沙西进，经湘西叩四川之大门，相机夺取重庆。第四旅的任务不是攻略四川，而是牵制西南，为师主力夺取云南创造条件。
该计划经总部反复研究后批准。但龙谦署名的电报指示蓝心治，就军事而言，第二师主力两个步兵旅加上师直属部队并不战局绝对的优势，尤其要考虑第六旅这支刚组建的部队严重缺乏战争的考验，不堪大用，还要考虑周冯事件后对第二师的影响，加上过于遥远的后勤补给路程，军事解决云南的难度是很大的。但云南问题的核心不在于军事，而在于政治。要善于利用蒙山军全国范围内大胜的声势，并且将这种声势发挥到最大。促使其内部发生有利于我们的变化，要相信，云南的地方势力（主要是满清势力）及同盟会势力在全国局势巨变的情况下是会产生动摇的，要促成这种动摇，以利于军事上的迅速解决。龙谦特别强调，不管什么人，只要愿意与蒙山军合作，一概给予团结，委以重任。
龙谦几次跟司徒均、曹敏忠等人谈起对第二师的担心。其中就有对蓝心治独领一军的担忧。但彼时别无他策了。不过，蓝心治在平定西南的过程中打消了龙谦的疑虑，这是他出任西南军区司令官的主要因素。
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