同盟会成立后，虽然内部仍然存在很多不同的声音，但大的方针算是定下来了。而且在黄兴的拥戴下，孙文出任了总理。“十六字”方针的核心是驱除鞑虏，否则其余三条都谈不上。所以，同盟会将工作的重心放到了国内。
当务之急就是在国内建立同盟会的坚强组织，否则一帮立志推翻满清的人们在海外喊破嗓子也无济于事。就说孙文常驻的日本，各阶层不乏孙文主义的支持者，但政府绝不会出兵帮助孙文。日本军部和财阀们在日俄战争后，目光已经转向了中国，但那些掌握日本政策导向的大员们宁愿与满清的实力派合作，比如袁世凯。也不愿意去扶持无钱无兵的孙文。
一切都要自己动手。同盟会高层在确定纲领后开始研究具体的行动步骤。武装反清是肯定的了，他们不赞成甚至讨厌立宪的呼声。孙文和黄兴作为同盟会的主要首脑，一方面组织舆论上的宣传，另一方面则是进行组织上的安排。
具体方向有三个，一是江浙，二是两广，三是两湖。其中，孙文、胡汉民属意两广，黄兴和宋教仁、刘揆一更重视两湖。江浙一带立宪势力最强，主张武力反清的是光复会，比起立宪派的力量来说就弱的多了。
依靠的力量也出现分歧。孙文还是主张走武装会党的老路，而黄兴则开始关注军队，特别是新军。因为近年来国内留日学习军事的青年渐多，这些人基本都对满清失去了希望，比如现在在日本士官学校读书的蔡锷等人，朝气蓬勃，充满了干劲。他们回国后基本要进入了新军系统，将成为一支不应忽视的力量。而且，就满清政府的军事力量而言，海军已经式微，且把持在福建帮手中。关键还是陆军。而陆军新军继北洋六镇之后，湖北成立了新军第八镇，江苏成立了新军第九镇。一部分人认为，应当将精力放在对新军的渗透上。
最后决定，在全国有条件的省份都建立同盟会的支部，做舆论上的宣传和组织上的准备。这种预备性的工作不仅是必须的，而且绝不会白干。
吴禄贞在1905年11月去了趟日本，跟黄兴讲了他去山东点验第五镇的故事。吴禄贞认为，山东新军第五镇名义上是北洋六镇之一，实际上跟袁世凯矛盾重重，根本就不是一回事。而且，这支部队训练有素，装备精良，统制官龙谦出生于美国，应当是同情革命的。
这个消息引起了孙黄的注意。这是孙黄第一次听说龙谦这个人。于是，山东纳入了同盟会工作的重点。孙文开始物色回山东建立支部的人选，很快就找到了，他就是徐镜心。
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