其实所有人都知道，如果不保证马尼拉城中的西班牙高层的生命安全的话，这条约根本没有成功签订的可能，所以最终条约签订的时候，吴运东做出了承诺，台湾将不对马尼拉的政府和军中的高层追究任何当年屠华的责任，并且确保其生命财产的安全。这也是萧明乾事先示意过的，而且萧明乾还提出一些罪责较轻的西班牙商人，可以允许其付出一定的财产来赎罪。
经过长大七天的讨价还价，最终双方达成济北停战协议。协议的内容如下：
第一，台湾取消对马尼拉的围困，承认西班牙对马尼拉极其附近五十里范围内的统治权。
第二，马尼拉立即放下武器无条件投降，由台湾海军对马尼拉进行为期两个月的暂管，期间台湾将派遣司法人员对1603年马尼拉屠华事件中，所有参与其中的西班牙人和当地土著进行逮捕并审判。（关于对马尼拉高层的免责，在正式条约中没有明确标注。）
第三，马尼拉必须支付台湾一百五十万两白银或等价黄金的战争赔偿。并支付二百五十万两，用于赎回被俘的二十五艘千吨一下的战舰和九十多名被俘贵族和中高级军官。
第四，西班牙在马尼拉的海军战舰数量不得超过二十六艘，战舰最大吨位不得超过一千吨，总吨位不得超过两万五千吨。
第五，台湾商人在马尼拉拥有经商权，居住权。台湾商人犯法，马尼拉当局必须联合台湾司法机关共同审判。
第六，台湾放开对西班牙商人的封锁，允许西班牙人参与到台湾对外开放的所有商业活动，西班牙同样对所有华商开放所有商业活动。
第七，台湾和马尼拉建立联合防卫同盟，共同捍卫双方在南洋的固有利益。在一方同其他势力发生战争时，在取得对方的同意之后，另一方可以在己方条件允许的情况之下，加入战争。
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