不过，要建立完备的军队情报系统，实在有些难为萧明乾，毕竟萧明乾“前世。”只是个普通的预备役军人，对于情报这种东西，并不是很了解。而且在萧明乾的印象中，世界各国好像并没有针对军队单独建立一个情报系统。不过台湾现在的情形实在有些特殊，海商和林家系统的存在使得情报局被分成了数块。而这两个团体很显然不应该插足军队。所以狠狠的挠了挠头后萧明乾决定增强本土局的权力。
“军队系统的情报收集就不需要特意建立一个情报系统了，以后所有的军事方面的情报均分属本土局负责。为保证军事，本土局有权力全面共享四司的情报，但本土局无权干涉四司的情报人员的培养调派和情报收集。而且不管是本土局，还是四司，均只有调查权，却没有以暴力手段逮捕台湾内部人员的权力。”
这一点萧明乾是要特意强调的。东西厂，锦衣卫这两个特务组织的危害是人所共知的。一旦这样的组织掌握在那些有强烈的权力欲的人手上，那危害将非常之大，萧明乾可不想培养出这样的一个怪物。
卢远志和林洪文相互看了眼对方，他们都从萧明乾的这样的安排中看到了对他们的防备。但是就是看出来了，他们也没有什么意见。再说，有意见又有什么用，现在的台湾，军队完全掌握在萧明乾的手中，其他势力对军队没有一丁点的影响力。
而军政府虽然有一定的自由度，甚至在一定程度上来说，萧明乾对军政府完全是不太乐意干涉。但是掌握军政府的要害部门的是唐洪生，李元心，何耀泉，陈元贇等人。海商团体的人和林家掌握的最要害的是情报系统和警察系统，虽然说权势也不错，但是在军政府当中也只能算是一般了。
特别是商业。当初萧明乾任命李元心负责商务部的时候，便有很多的海商找到吴运东和卢远志，表示他们的不满。但是不满又如何，李元心的能力和取得的成绩是有目共睹的。而且那个时候，台湾的主要经济体也不是海商了。所以，吴运东和卢远志也没有提出什么不同意见。
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