张兆和熊文灿搁置此事时，郑芝龙与荷兰人已经开战，打得如火如荼。
早在崇祯五年二月，荷兰的大员总督换成了好战的普特曼斯。普特曼斯坚决支持用武力消灭郑芝龙、进而逼迫大明帝国接受荷兰人的条件，并拟定了作战计划，得到荷兰东印度公司的同意。
为了迷惑郑芝龙，普特曼斯不仅与郑芝龙签订了自由贸易协定，还派使臣前往安平参与郑芝龙的酒宴。趁郑芝龙放松警惕之机，普特曼斯联合刘香，突然对南澳岛炮台发动攻击，结果却被守军击退。
荷兰人放的烟幕弹果然有效，郑芝龙直到南澳岛遭到攻击后，仍然不相信荷兰人会发动全面进攻，整个郑氏集团的势力范围内仍然防范不足。
紧接着，荷兰舰队和刘香共同进攻厦门，不做丝毫准备的郑芝龙被击沉战舰十五艘之多。郑芝龙这才抛弃任何幻想，拿出自己的全部家当，积极备战。为了鼓舞士气，甚至发布悬赏令，即每个参战士兵，都有二两白银赏钱，砍死一个荷兰人，赏白银五十两，烧掉一艘荷兰战船，赏白银五百两。
大明帝国与荷兰人的海上争锋正式拉开了序幕！
然而，悬赏令发布之后，荷兰人和刘香的联合舰队却失去了踪迹，与郑芝龙玩起了游击战，经常趁郑芝龙不注意，扑上来撕咬一口肉，然后扬长而去，让郑芝龙防不胜防。荷兰人精习海战，深知自身船大火力猛，具有极强的远洋能力，而郑芝龙兵多、船多，在近海占有绝对优势。
所谓的战争，各种阴谋阳谋玩来玩去，目的只有一个，就是充分发挥自己的长处。
荷兰人力图发挥自己的长处，将自己的火力优势发挥到极限。而郑芝龙绝不会坐以待毙，也在拼命发挥自己的长处。
郑芝龙以牙还牙，在台湾海峡布置了重兵，将一切经过海峡的荷兰船只击沉，断绝了荷兰人通往日本的航线，逼着荷兰人来自己的老巢附近决战。
荷兰人以商立国，封锁了台湾海峡，就等于断绝了荷兰人与日本贸易的可能，这让荷兰东印度公司绝对无法忍受。
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