既然将仇崖认命为南京工部营缮所所副，崇祯的用意自然是十分明显的，现在北京正是那些勋戚以及各大官员的地盘，格物院要想在京城混开不是件容易的事情。
所以在崇祯和徐光启两人商量之后，一致认为将格物院迁到旧都南京，不但可以避开其他势力的锋芒，不与他们进行正面交接，又可以提供充足的土地进行工厂的建设。
因为朝廷积蓄全无，所以整个皇室自然是没有力量再去追求那些物质享受了，偌大的造办处冷清得像是过气了的被打进了冷宫的嫔妃。幸好因为格物院的建立，崇祯又急需资金，所以下令所有的工匠全部迁到南京去了。
百年木工原本就是靠着造办处的工匠来维持生计的，现在这突然把所有的工匠都全部抽调到南京去了，百年木工顿时就成了无水之泉无根之木，在整个松江府的同行的目瞪口呆之下，干脆利落地关门大吉了。
徐光启被崇祯皇帝任命辅助仇崖，再加上张雷想着也没什么事情好做的，于是便都去到了南京。
这次是皇上任命的，自然不同凡响，一行人浩浩荡荡地开往南京城，在靠近黄河的地方选定了地址，有了张雷强大的财力支持，格物院很快就建立起了第一家工厂——国家军工厂。
国家军工厂的主要工作就是烧造高品质的钢材，用来代替原来的红铜制作大炮。而炮弹方面是完全不用担心的，有了张雷制作的火药。完全不必向之前那样的炮弹一样填充铁片铁球来杀敌，而是进化到了用火药爆炸的力量杀敌的阶段。
虽然说仇崖在名义上面是格物院的院长。但是张雷却争取到了国家军工厂厂长的位置。也就是说军工厂虽然是在格物院旗下的，但是格物院只不过是相当于门面一样的存在，起实际作用的是格物院旗下的这些工厂。
有了军工厂，张雷就可以光明正大地制造大炮了，不必再像之前那样遮遮掩掩的还要为了没有样本而苦恼。事实上，正所谓隔行如隔山，在火炮和连发铳这样的武器的制作和研发改进方面，张雷只有看着的份。张雷的职责只是监督。
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