半年之后，忍者村里面，开始出现了不祥的异变，很多忍者都是出去执行任务后，无法归来，被村子判定为任务失败列为失踪人员而处理。
而对于这样的事情，起初并没有引起太多人的注意，因为忍者的工作，在高回报的同时，也都伴随着巨大的危机和风险，而且忍者村的铁血法则，为了任务的成功，宁可牺牲也决不能失败，就是在这样，有着无数的忍者为了任务而被埋葬在了忍者村这黑暗的历史里面。
可是，对于后来，失踪的忍者是越来越多了，忍者村里面的人是越来越少了，终于，开始引起了村子里面的人们的议论，而就在这一片议论声之中，忍者村发生了翻天覆地的剧变。
在全然没有预兆的情况下，忍者村的时雨长老，挺身而出，发动了叛乱，然后在他以及跟随他的忍者们的努力下，一夜之间，忍者村发生了叛乱，原村长被杀死，然后，那些支持人体改造实验的其他长老们，也被捕问罪。
时雨长老把村长以及那些长老们所暗地里干下的不可告人的秘密，都公之于众，原来，这些年来，忍者村的忍者们，并不是在任务中牺牲或者失踪，而是全部成为了这些村子的领导者们欲望的牺牲品。
因为这些年来的失败，最后在无计可施之下，终于走上了极端的道路，开始不再使用那些体质弱小的孩童们坐改造实验了，转而把目标，定位那些已经训练完毕的，身体能力远高出常人的忍者们，他们相信肯定能够经受得住，改造实验所需要经过的那一段残酷的过程。而这种事情，可以说是一种疯狂的赌博行为。
但是可惜结果，他们的下场，同那些输红了眼的赌徒一样，还是一个输字。
而知道了忍者村变得这样衰败原因的广大民众们，终于醒悟了过来，开始不得不正视自己，以及这个村子所面临的将来，他们也清醒的认识到，这所谓的人体改造，根本是一条疯狂的毫无人道的消亡之路。
于是，时雨长老在所有民众的拥护下，成为了新一任的忍者村村子，然后，时雨村长他也立志要改变忍者村现在衰败的局面，以及更正忍者村那黑暗法则，不能够再让村子，再继续走向那一条灭亡之路了。
重视生命的时雨村长，他彻底的改变了忍者村以往那种残酷到近乎苛刻的训练方式，对待训练生，不再苛求训练强度而训练出优秀的忍者，而是以让训练生有自我保护，自我生存能力为目的的技能掌握性的训练，并且要求训练师傅要保证训练生的生命安全为最优前提条件。
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