李自成回到了北京却发现原先热闹的北京城这时却变得萧条，变得死气沉沉，街道上竟然有倒卧的尸体无人收敛。
李自成急召人来询问，却原来在义军进驻北京之后就有人开始染病，早先只是咳嗽，发热畏寒，最后发展到咳血，没几天人就死掉了，人死的时候全身呈黑紫色。而且这病很具传染性，往往一人得病与他有过接触的人相继被感染，死人的时候一死一大片。
城内的居民和李自成的队伍已有许多人患病死亡，郎中们对此束手无策，采用了各种方法都没有办法救治病人，制止疫情的蔓延。
疫情越来越严重，病死的人倒卧在地上都不能及时清理。李自成回到北京城时城内的兵营之中大部分士兵染病，别说组织起来与吴襄的军队作战，自己什么时候死都不知道。
李自成明白这北京已无法呆下去了，他连夜准备，第二天在北京称帝，然后就急匆匆的逃离了北京。
吴襄和祖大寿带兵在一片石击败李自成后，一路追击到了北京，本来以为对北京的攻击要大费周折，没想到贼人却弃城而逃，这么大的便宜当然要占，吴襄带人兴高采烈的进驻了北京城，满城的尸体并未引起他们的注意，他们心中还在咒骂流贼的残暴，竟然在北京城杀了那么多人。
吴襄和祖大寿将太子接入北京重又住进了紫禁城，让太子下令给各地拥有兵将的大明将军攻击李自成的人马。许多明朝的旧臣又看到了希望，纷纷出兵在李自成撤走的沿途进行阻击。
李自成撤离北京后发现疫情并没有减弱，反而是死的人越来越多。下令抛弃了许多的人，仍然有更多的人被感染，更为严重的是不但进入北京的士兵染病，随着李自成的南撤，连原先留守的部队也出现了发病迹象，李自成不得已逃向更南边的地方。
吴襄在北京城内没呆两天他所带的人有许多出现了染病症状，又过了几天就开始大量死人了。
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