西王府除去两丞相、六部和六部所辖的三十六司之外，还有四个特殊的衙门和司部是直接隶属西王娘管辖的。一个是洪韵儿早就管着的诏书衙，一个是女事馆，一个舆宣司，还有一个是医务司。
诏书衙所管之事也就是负责刊行西殿各种法令、文书和官方书籍，也负责民间各种书籍的刊行审核，也就是西殿控制民间舆论的一个重要举措。因为洪韵儿非常喜欢书籍的缘故，诏书衙暂由洪韵儿亲领，其下有傅善祥、李璇玑等才女襄助。
女事馆也就是管着西殿女营、女馆等妇女之事，也是由洪韵儿带着傅善祥、李璇玑、杨冬青等诸女执管。
舆宣司则是由王利宾任司长，职同检点，就是负责开办报纸，控制民间舆论，也负责各种宣传之事。
最后的医务司由姚远出任司长，也就是负责苏褔省的各种医疗、医馆和军医之事。
另外还有两个部门也是由西王直接管理，一个便是新成立的情报司，由钱江主管，职同检点；另一个是童强胜的白泽堂。情报司是西殿明面上的情报机构，除了负责探听情报、收集民间消息之外，还负责秘密监察百官，他们的职司和刑部监察司不同，他们只负责收集百官的情报，并没有断处和拿人的权力。而白泽堂则好像西殿秘密警察部队一样，除了刺探情报之外，还干着一些见不得人的勾当，比如刺杀、造谣等等。因为这两个部门极其要紧，所以也是萧云贵直管的。
由于西殿将官中过于偏重武事，武官倒是极多，而文臣终究太少，是以六部中的侍郎很多是由武职转过来的将官担任，而六部尚书则全是由文士担任。
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