兵器研究院的惨剧，白水潭学院的哀伤，到了朝廷中，却变成了怀疑。
虽然官制改革与兵制改革依然有条不紊地推行着，宋朝中央政府转换成尚书省与枢密院对掌大权，御史台、门下后省监督的架构。在兵部尚书吴充与兵部侍郎郭逵的支持下，兵制改革也开始了它的第一步……但是，对于开发火药武器，朝中却开始出现质疑之声。甚至还连累到石越，有言官指责是他破坏了天地的平衡，使阴阳失调，于是降下天怒。
“已经不止一个官员上书说，兵器研究院研究的事情不祥，要求朕下诏禁止。”赵顼的眼中，也似有了疑惑。“卿说是不是兵器研究院欲夺天地之造化，所以招此大祸？此是上天之警示？”
石越沉声道：“陛下！自古以来，凡欲求真证道，无不经历千难万险。便如陛下改革，也是一步一步走来，不知中间有过多少曲折艰辛。兵器研究院之事，至为不幸，然而却不可因噎废食，半途而废，更使死者枉送性命。”
赵顼沉默良久，方说道：“人心疑惑，又当如何？”
“若表彰死者之功，使天下皆知他们的死重于泰山，且能得到朝廷的认可，则敬意可以取代疑惑。”章惇从容答道。
石越见他如此敏锐，也不禁感到惊讶。此人运气极好，方除卫尉寺卿不久，兵器研究院就出事，于是责任就完全与他无关，反倒显出他的能干——在章惇任期内，大规模生产的霹雳投弹和震天雷，没有出过任何差错；而标准化改革，也推行得非常顺利，已经初见成效。
赵顼目光移向石越，问道：“石卿之意如何？”
石越连忙敛神答道：“章大人所说极是。若天下人皆以为国而死为荣，那么国家强大之日也就不远了。”
“朕会给他们追赠官爵，厚加抚恤。”
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