自海军改制，仿效后世天朝和各国的方案，朱瞻基将目前的海军分为了三大军区。
划分大军区是为了有效利用现有资源，在区域内实现有效的管理和供给。
北方军区被分成了两处，一处是辽东半岛，一处是北方与库页岛相连的黑龙江出海口。
虽然两地之间被朝鲜阻隔，但是大陆并没有隔断，为了大力发展北方，所以要把辽东建设成为北方的供应基地。
东海军区则是从山东南部一直到福建一带，这里目前是大明最富裕，物产最丰富的区域。
为了肃清海防，东海军区派出了大量的船只，对东海海岛进行了清理。将原本从张士诚时期就以各海岛为据点的海盗窝清扫一空，那些海盗或者剿灭，或者迁移到瀛洲岛，也就是后世的台湾。
而南海军区的范围就要大的多了，从广东到海南岛，到交趾，一直到苏门答腊岛的旧港宣慰司，全部都归南海军区管理。
但是为了统一海军的编制和传令系统，海军的作战方式，舰队编组等等，还是实行垂直管理军制。
军区负责训练，后勤，补给，但是舰队的作战，统一归属司令部。
比如如今的三大军区各有一支专门的战斗部队，分别是第二舰队到第四舰队，这三只舰队没有主官，只有两位副都督负责平时的训练以及后勤协调。
作战之时会由司令部与兵部共同任命领军的总兵官，领导作战。
而第一舰队是原本的新江口水师改编而来，驻扎京城。虽然第一舰队没有海域，平日训练还需要出了长江口才能训练，但却是四支作战舰队中规模最大的一支。
第一舰队直属司令部，除了训练作战，朝廷的外交使团，礼仪船队，包括长江和黄河水域的剿匪，运输，都归第一舰队管辖。
像郑和率领的西洋舰队，候显率领的第二舰队，还有现在王景弘任首领的第三舰队，都归第一舰队管辖。
因为朱瞻基亲任第一舰队大都督，第一舰队也同时对其他几支舰队有指挥权。
随着朱瞻基的一道道命令被传达了下去，整个海军系统第一次整体运转了起来。
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