经过紧张的筹备工作，半个月后，‘漳州军政大学’在城外的一座破庙里开始授课，首批入学的近百名学生中，除了二十几个军官外，其余的都是各地民团的骨干和保甲长。学校采用轮训的方式，每两个月为一期，计划用十个月的时间完成第一轮的培训。由于师资力量严重缺乏，学校暂时只开设了四门课程：历史，经济、军事和政治，其中军事课由孙百里主讲，杜周南负责经济和政治，而历史课则由校长卢宏图亲自操刀。开学当日，在孙百里的刻意安排下，学员们胸前佩戴着大红花，由独立旅的士兵担任仪仗队，雄赳赳气昂昂地穿城而过，来到学校门口。同时邀请各界的名流士绅参加剪彩活动，一时之间锣鼓喧天，鞭炮齐鸣，吸引了无数市民前来围观，在众人艳羡的目光下，学员们顿时感到无比荣耀，达到了孙百里预期的效果。
办完这件大事后，孙百里立刻向省府推荐杜周南担任行署的财政厅长，全权负责漳州的经济事务，蔡廷锴当即批复同意。杜周南上任伊始即大刀阔斧的推行他的经济政策，降低关税、整顿海关、打击走私、开办工厂等举措齐头并进，漳州地区的面貌很快就焕然一新。那些原本对这个军政府持怀疑态度的资本家、小业主以及地主乡绅，发现政府主动投资工商业，随即停止了观望，开始试探着兴办一些规模和投资较小的工厂，漳州地区的发展开始慢慢地走上正轨。
孙百里开始还坚持上午在行署处里公务，下午到学校授课，后来见杜周南办事老到，干脆把政务全部放手给他处理，自己则全心全意地投入军队的训练当中。孙百里首先安排全旅按照孙氏操典的要求对士兵进行单兵科目的训练，等取得一定的成绩后就开始演练各种战术和步炮之间的协同。同时他还以日本军队为假想敌，强化拼刺技术的训练，以及如何在空中打击下与敌人接战。孙百里希望通过比日军更加严格的训练来提高士兵的作战能力，并以此来弥补和日军在武器装备上的巨大差异。许多刚刚入伍的新兵对严格的训练颇有微词，但是听了参加过上海之战的老兵的切身体会之后，也毫无怨言地投入训练当中。
随着时间的推移，军队的训练在卓有成效的进行，漳州的经济形势也开始全面好转，然而前线的形势却越来越严重！
本来十九路军入闽后制定的战略方针是在闽西对红军采取守势，安定防区的秩序，同时经营闽东南，作为十九路军的后方基地。首先把横行闽东南永春、大田、仙游、莆田等地自由行动的陈国辉部用武力解决：先将陈国辉扣留，在当地人民请求下，加以处决，并派兵将该部数千人彻底肃清。随后盘踞各地的其他地方势力迫于压力，纷纷表示接受十九路军的指挥，十九路军获得了一个较为牢固的后方。然而蒋介石对十九路军消极剿共的态度极为不满，连续电令进击红军，否则军法从事。蔡廷锴不得不派出七十八师区寿年部由南靖、永安西进连城。不料该师抵连城不久，即遇红军彭德怀的第三军团主力东进，把七十八师包围在连城。经过三天苦战，抵挡不住红军的攻势，最后只好弃城东撤，损失达两团部队。获悉连城失守后，蒋介石大为恼火，从南昌行营来电申斥，命令夺回连城。于是蔡廷锴令六十师龙岩进至永安，又令六十一师由泉州经大田向沙县集中，同时自己亲率补充师进至水口、尤溪口西岸地区，组织防御。然而六十一师又在延平、青州附近被击败，损失惨重。
前线吃紧的消息一经传来，在土地改革中失去土地的地主和被强制收缴了武器的地方实力派纷纷召集人马，联合一些土匪，攻击各地的保安团，妄图借机东山再起，重新割据地方。其中闽东南地区不但是最早推行耕者有其田政策的地区，而且随后推行的经济政策也损害到很多人的利益，所以形势尤为严重。盘踞在漳浦的土匪和逃窜至此的陈国辉残部汇合后实力大增，在匪首卢兴邦的指挥下，纠集了三千多人，猖狂进攻县城。
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