国民政府统帅部经过三天讨论，制定出初步整编方案：第一，对军队体制进行改革。彻底废除兵团和军团两个层次，以军（三个步兵师）为作战的基本单位，正规军全部更名为国防军，取消此前整编、新编等等种类繁多的名称；第二，对指挥系统进行重新规划。取消蒋介石时代的行营，改为由最高统帅部直接指挥各大战区；第三，对步兵师的装备和兵员进行调整。一线部队将由齐装满员的甲种师为主力，编制和兵力按照十九路军步兵师的标准，二线部队将根据战斗力的强弱划分等级。第四，军政分开。终止战区司令长官兼任地方行政长官的惯例，改由文职官员担任。第五，新建两个独立的装甲集团军（下辖五个装甲师），与扩编之后的犹太军团一起作为国家的战略打击力量，由最高统帅部直接指挥。
另外，为了适应新的形势，最高统帅部重新划分了战区，调整了兵力部署：
第一战区，司令长官蒋鼎文。下辖两个集团军，共12个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队，总兵力约二十余万人，在河南省省中西部地区布防，守卫黄河天险，切断华北日军的南进之路。
第二战区，司令长官阎锡山。下辖四个集团军，共24个步兵师，四个步兵旅，三个骑兵旅和其他特种部队，总兵力约五十万人，负责防守山西及陕西一部，并在敌后进行游击战。
第三战区，司令长官罗卓英。下辖两个集团军，共五个步兵师，两个步兵旅，总兵力约十万人，负责在苏南、皖南和浙江等地的游击战。
第四战区，司令长官余汉谋。下辖三个集团军，共18个步兵师，一个重型炮兵旅，一个防空旅，一个装甲师和空军一个大队，总兵力近五十万，负责两广、福建、江西三省防务。
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